Os cadernos Jupyter Notebook são bem práticos e didáticos para documentar fluxos de dados, realizar análises exploratórias, etc. Mas, como o formato .ipynb é baseado em JSON, que não tem nem mesmo quebras de linha, ele não é muito propício para usar controle de versões com o Git, saber o que foi modificado em cada commit. Fazer merge então é impossível.
Para isso surgiu o Jupytext. Ele possibilita parear o seu caderno Jupyter com arquivos que funcionam bem em controle de versão, por exemplo, scripts Python ou texto em Markdown.
Veja também:
- repositório do Jupytext no Github
- documentação
- palestra no PyParis 2018, que inclui uma demo de colaboração com cadernos Jupyter